多數人都希望旅遊的時候是晴空萬里，對動物園來說更是如此；每一次遇到雨天，位於戶外的動物園就會出現空蕩蕩的荒城，雨天的影響甚至比休館還大！遊客表示：「看到下雨就不會出門了。」，的確，遊客除了要拿雨具，穿雨衣之外，危險度也增加不少。園內駐警隊說道，有一次在下雷雨時，正在戶外教學的安親班被困在山上，老師還打電話請求送雨具或專車接送至山下。
不過值得一提的是，由於動物園耗水量甚大，而動物園又剛好位於容易下雨的文山區，因應雨天而做出除了定點遮蔽涼亭之外的相關設施。雨撲滿是縮小版的雨水貯蓄系統，透過屋簷的集水溝，將雨水收集起來，經簡單的過濾後，可做為灑掃、澆灌和消防用水使用。動物展示池的雨水利用收集下雨時的地面逕流，經過濾、沉澱後集中到雨水貯蓄槽，再利用虹吸原理把處理過的雨水引到各動物展池，達到環保、節能的目的。
另外，教育中心階梯狀的屋頂多面積集水面設計，更有效地收集雨水。逐級利用系統將水生植物園的池水導入雨林區綠頭鴨等動物的水池，再將綠頭鴨的池水利用高低位差匯入赤頸鶴水池。最後，回收赤頸鶴水池的中水再導回水生植物園，利用植物和微生物淨化水質，讓水淨化再利用，形成雨林區水資源循環網絡。有效運用雨水後，動物園的水費比四年前節省超過新台幣500萬元。
雨天是大家不願意出門的天氣，但換個角度想，也有遊客故意選在雨天參觀，目的是可以看到跟一般不一樣的動物園，雖然工作人員會建議遊客走室內館，但是只要細心觀察，就可以看到動物跟雨天的關係。有人說：「老牛抬頭朝天嗅，雨臨頭，馬嘴朝天，大雨眼前。」青蛙鳴叫、燕子低飛、蚊子成群，種種跡象說明了動物其實會受雨天影響。由此可見，下雨不見得是壞事，或許，雨天才是動物表演的時候。